Criterios de diseño

Muchachos,
Tengo duda a la hora de plantear el diseño de una base de datos.
Yo se que esto tiene que ver mas que nada, con los criterios de DBA,
pero como yo no tengo mucha experiencia, me baso en el diseño planteado
por gente con mas experiencia.
Un profesor mio de la Universidad, considera que ningun registro
(por ejemplo de empleados o clientes) debe ser eliminado de la base de
datos, es decir se deberia colocar un atributo como bandera que indique
si el registro (de empleados o clientes) debe o no aparecer en el
sistema. Por ejemplo, en la interfaz de usuario si hay un boton que dice
"eliminar", no significa que elimine el registro de la base de datos,
sino que simplemente le de un valor al atributo ya sea 0 o 1 para que
"simulara" que el registro esta eliminado.
Desde mi punto de vista (y aclaro que no tengo mucha experiencia)
considero que de esta manera estoy haciendo que la base de datos cresca
siempre. Es decis, que no hay posibilidad de disminuir su tamaño
eliminando registros desde una interfaz de usuario. Y me parece algo
poco elegante, ya que en cada consulta para mostrar el listado de
registros (por ejemplo de empleados o clientes), deberia hacer el contro
de si el atributo puesto como bandera tiene el valor 1 o 0 segun se haya
eliminado o no.
Asi que mi pregunta es, cual de los dos metodos es el mas
conveniente? Obviamente me refiero a registros que guarden clientes,
empleados o algo por el estilo, en el que uno puede llegar a pensar:
¿Para que eliminar el cliente si en una de esas puede volver a
comprarnos? Claro, pero si algun dia resulta necesario? O por cualquier
causa, el cliente ya no es mas cliente nuestro? Que es mas conveniente,
usar una bandera o eliminarlo completamente de la base de datos?
Saludos. Gracias por la paciencia.

Gustavo Cortez