No se porque lo hace, haria falta que hicieras un explain
Pero intenta conesta otra consulta
select *
from uad.beneficiarios as b
where
estado_envio = 'n' and
tipo_transaccion = 'M' and
clave_beneficiario not in (
select clavebeneficiario
from nacer.smiafiliados as s
where b.*clavebeneficiario = s.**clavebeneficiario*
)